在留特別許可とは、本来であれば退去強制されてしまう外国人に対して人道的な観点から日本での滞在を許可する制度です。
在留期間の更新または在留資格の変更をせずに在留期間が過ぎてオーバーステー(不法滞在)になった場合でも、「特別な事情」がある場合には、入管法上、「法務大臣の例外的な恩恵措置」として在留が認められる場合があります。これが「在留特別許可」です。
上陸特別許可とは、退去強制手続により本国に帰国した外国人を入国禁止期間中に日本に呼び寄せるための手続です。
ただ、この「上陸特別許可」は、在留特別許可と同様、入管法で定められた手続ではありません。申請すれば必ず許可が下りて日本に入国できるというものではありませんし、場合によっては、何回申請しても許可が下りないという場合もあるので、注意が必要です。